AutoDock Vina 변종 위주로 사용하다가 기능적으로 만족스럽지 않은 부분이 있어서 다른 도킹 프로그램을 찾아봤는데, 그중 무료로 사용할 수 있는 성능이 좋아 보이는 프로그램으로 rdock이 있습니다. rdock의 차별점이라 할만한 주요 기능은 tether docking, pharmacophore docking입니다. 논문은 다음 주소에 있습니다. https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1003571 docking을 하다 보면 대충 분자가 단백질에 어떤 포즈로 들어와야 하는지 보이는 경우가 있습니다. kinase protein의 hinge 영역처럼 특정 영역에 결합하는 분자에 몇 가지 패턴이 정해져 있는 경우도 ..