AutoDock Vina 1.2 가 나왔네요.

 

https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.jcim.1c00203

AutoDock Vina 1.2.0: New Docking Methods, Expanded Force Field, and Python Bindings

 

github 소스코드

https://github.com/ccsb-scripps/AutoDock-Vina

 

매뉴얼

https://autodock-vina.readthedocs.io/en/latest/installation.html

conda 설치도 지원한다고 합니다.

conda install -c conda-forge -c ccsb-scripps vina

그런데 저는 콘다가 꼬였는지 에러 나고 설치가 잘 안되네요.

 

변경사항들입니다. 

• AutoDock4.2 and Vina scoring functions
• Support of simultaneous docking of multiple ligands and batch mode for virtual screening
• Support of macrocycle molecules
• Hydrated docking protocol
• Can write and load external AutoDock maps
• Python bindings for Python 3

 

 일단 설치는 했습니다.  quick vina처럼 빠른 것 같진 않고.. 추가된 기능을 살펴보면

 AutoDock 4 (AD4)의 에너지 함수를 지원... 이게 좀 미묘합니다. SMINA에서 이미 예전부터 사용 가능했습니다. 사용법도 간편하고요.

그리고 AD4의 경우 계산 속도를 빠르게 하기 위해서인지 에너지를 모든 위치에서 매번 계산하지 않고, 대신 미리 그리드 포인트에 대해서 에너지를 계산해둔 후, interpolation 해서 사용하는 걸로 알고 있는데, 이걸 만드는 코드가 좀 문제입니다. ADFR software suite라는 것을 설치해야 하는데 (이전에 쓰던 MGL tools 나 AutoDock tools와 비슷한 것입니다.)

이게 python 2으로 되어있습니다. 요즘엔 python 3을 많이 사용해서 굳이 이걸 설치하고 싶진 않네요. 대신 그리드 설정하는 코드만 미리 작성해둬도 되긴 합니다. 다음처럼 작성해봤습니다. 생성된 파일은 좀 임의로 수정해야겠지만...

https://github.com/gicsaw/pdbtools/blob/main/bin/prepare_gpf.py

 

그 외에 몇 가지는 괜찮네요. vHTS에 적합하도록 모드를 추가하거나

python 3 인터페이스를 지원하는 것도 좋은 점이 있습니다.

그래도 quick vina의 속도와 smina의 편리성을 버리긴 좀 아깝네요.

특히나 에너지 함수 커스터마이징이 편하다는 게 smina의 장점이고요.

굳이 Vina, AD 로만 구분하는 게 아니라, 원하는 term 별로 따로 가져올 수도 있고...

AD4를 위해서 AutoDockVina 1.2를 쓰기보다는 그냥 smina를 쓸 것 같습니다.

여러 포크들의 장점을 한방에 통합한 것이 있으면 좋겠습니다.