Novelism

약물의 타깃은 단백질인 경우가 많지만, 핵산, 지질, 탄수화물이 타깃인 경우도 있다고 합니다. 단백질도 효소, 수용체, 운반 단백질, 구조 단백질 등 기능에 따라서 여러 종류로 구분할 수 있습니다. 효소란 촉매 기능을 하는 단백질입니다. 효소를 타깃으로 하는 약물은 효소 억제제 (inhibitor)입니다. 효소 억제제는 활성부위에 결합하여, 기질의 결합을 막는 경쟁적 억제제 (competitive inhibitor)도 있고, 활성부위 이외의 부위에 결합하지만, 활성부위의 구조를 변화시켜 기질이 결합하기 어렵게 막는 allosteric inhibitor 도 있습니다. 약물 중에는 단백질과 covalent bond를 일으켜서 반영구적으로 붙어버리는 (covalent drug) 비가역적 억제제도 있습니다. 의..

백질 구조 기반 약물 가상 탐색: 1. 서론 https://novelism.tistory.com/116 서론에 이어서 단백질 구조 및 Cheminformatics로 ACE inhibitor (억제제)를 탐색하는 예시를 보여드리겠습니다. 고혈압 치료제로 사용하는 ACE억제제에 대한 포스팅은 이전 글을 참고하세요. https://novelism.tistory.com/108 제가 구조기반 약물 탐색에서 하는 일은 3가지입니다. 단백질-약물 결합에서 중요한 결합기를 찾고, 해당 결합기를 가지는 약물들을 탐색합니다. docking을 통해서 약이 결합 위치에 들어갈 수 있는지 시뮬레이션하고, 중요하다고 생각한 결합기가 docking 결과 실제 예상한 위치에 있는지 확인합니다. 일단 이것은 예제이기에 분석과 분자 탐..

vi (vim) 에디터는 가볍고, 다양한 기능이 있어서 리눅스에서 많이 사용됩니다. 요즘은 다른 에디터를 사용하는 사람도 많지만... 제가 사용하고 있는 vimrc 설정입니다. ~/$HOME/.vimrc 파일에 저장하면 vim을 실행할 때마다 반영되고, vi 를 열고 :를 치고 한 줄씩 입력할 수도 있습니다. vim에서 " 는 주석처리 입니다. set paste를 사용할 경우 다른 옵션과 충돌하는 경우가 있어서 사용할 때만 set paste를 직접 입력해주고 있습니다. 이름을 보면 대충 추측 가능하긴 한데, 옵션 하나하나는 잘 기억이 안 나네요. "set paste set nocompatible set incsearch set title set number set hlsearch set showmatch..

이런저런 이유로 십 년 넘게 계란 요리를 안 만들었다가, 재작년부터 계란 요리에 도전했는데 생각대로 잘 되지가 않았습니다. 토마토 계란 볶음은 늘 사 먹기만 했는데, 이제 어느 정도 계란 요리에 자신이 생겨서 직접 만들어봤습니다. (늘 가던 식당이 몇 달째 문을 안 엽니다.) 계란에 간을 하고 풀어줍니다. 스크램블 애그를 만들어줍니다. 계란이 적당히 익으면 썰어둔 토마토를 넣고 볶아줍니다. 적당히 익으면 케첩을 살짝 넣고 조금 더 볶아줍니다. 취향에 따라 MSG를 조금 넣어줍니다. 토마토에 글루탐산이 많아서 감칠맛이 나니까 MSG는 굳이 안 넣어줘도 됩니다. 사진 찍으면서 요리하다 보니 불 조절, 시간 조절을 잘 못하긴 했지만 맛있었습니다.

일단 결론부터 말씀드리면 실패했습니다. 블로그에 요리를 올리긴 하지만, 사실 제가 만든 요리 맛없다고 심하게 구박하는 사람들이 좀 여럿입니다. 이런 질문이 있습니다. 맛있을 것 같은 요리를 만들었다면, 누구에게 먼저 먹일 것인가? 답은 자신이 먹어봐야 합니다. 먹어보지 않고는 맛있는지 없는지 모르니까... 제 요리가 맛이 없는 이유는 무언가 실험적인 요소가 들어가기 때문입니다. 실험은 당연히 성공을 장담할 수 없죠. 하지만 새로운 도전을 하지 않으면 변하는 것은 없습니다. 인류는 그렇게 도전해왔고 발전해왔습니다. 세상에는 매뉴얼대로 잘하는 사람과 매뉴얼대로 할 수 없는 사람이 있습니다. 저는 후자에 가깝습니다. 매뉴얼을 적어도 그대로 따라 하지 못합니다. 뭐든 자신이 직접 이해하려 하고, 이해한 것만을 ..

재료: 굴, 새우살, 오징어채, 부추, 밀가루, 피자치즈 해물은 잘 씻어줍니다. 어차피 밀가루 반죽할 거라서 물기는 안 빼도 됩니다. 부추는 잘 씻어서 물기를 털고 반으로 자릅니다. 밀가루와 물을 넣고 반죽을 합니다. 저는 부침가루를 썼는데, 밀가루를 사용할 경우 간을 조금 해야 할 수도 있습니다. 해물이 짜서 안 해도 되는 경우도 있습니다. 팬에 부추를 먼저 깔고, 그 위에 반죽을 올려줍니다. 그 위에 계란을 하나 깨 넣고, 부추를 올리고 반죽을 더 부어줍니다. 뒤집어서 반대면도 구웠습니다. 그리고 적당히 익으면 다시 뒤집은 후 위에 피자 치즈를 뿌리고 오븐에서 구워줍니다. 치즈 올리기 전에 토마토소스를 발라줘도 됩니다. 완성 부추에 수직으로 가위로 자르고 부추 결대로 찢어 먹습니다. 이번에 산 치즈는..

단백질 구조 기반 약물 가상탐색 방법에 대한 예시를 포스팅하려고 합니다. ACE 억제제를 생각하고 있습니다. 일단 서론부터 올립니다. 저는 연구의 답은 본질에 있다 라고 생각합니다. 예전에 단백질 도메인 경계 예측 연구를 한 적이 있었는데, 단백질 도메인의 정의에서부터 출발했습니다. 단백질 도메인은 구조적인 단위이며, 기능적, 진화적인 단위입니다. 여기서 진화적인 단위라는 점에서 주목하여서, 같은 도메인 내에선 아미노산 사이의 공진화가 활발히 관찰되지만, 서로 다른 도메인 영역에선 공진화가 거의 관찰되지 않는다는 점에서 착안해서 공진화 정보를 이용했더니 기존 방법들보다 도메인 경계를 더 잘 예측할 수 있게 되었습니다. 마찬가지로 효소란 무엇이고 어떤 기능을 하는가를 이해하면 효소 억제제란 무엇이고, 무슨..

홈플러스에 냉동 아롱사태를 100g에 1690원에 팝니다. 몇 달 전에 사 먹었는데 맛있었습니다. 최근엔 볼 때마다 품절이었는데, 며칠 전 보니 재고가 있더라고요. 마침 잡뼈로 만든 육수도 있고 부추 국밥, 우거지 국밥 고기가 부족한 것 같아서 주문했습니다. 팩 하나가 1kg이고, 길쭉한 아롱사태 2 덩이가 들어있습니다. 썰어서 구워 먹어도 맛있습니다. 다만 썰기가 그리 쉽지 않습니다. 늘 하던 대로 물에 담가서 녹이면서 핏물을 빼고, 초벌로 데쳐줍니다. 하지만 아롱사태는 거의 핏기가 안 나오니까 굳이 안 해도 됩니다. 미리 준비해둔 육수에 넣고 삶아줍니다. 삶다 보면 길쭉했던 고기가 오그라들어서 둥글어집니다. 한 1시간 ~1시간 반 정도 삶은 것 같네요. 건져서 식혀줍니다. 뜨거운 거 썰기 힘들어서....

저에겐 요리하고 싶다는 욕구가 있습니다. 설령 냉장고가 음식으로 가득 찼을지라도 해야 합니다. 할 수밖에 없습니다. 인간은 욕망의 노예일 뿐... 주말농장에 가서 배추를 보고 우거지 국밥을 만들어야겠다는 생각이 들었습니다. 일단 잡뼈를 샀습니다. 하나로마트에서 냉동 한우 잡뼈 100g에 480원에 팝니다. 2.5kg 하면 12000원 정도 합니다. 사는 김에 냉동 정육 코너에 스지라고 쓰여있는 것을 하나 가져왔습니다. 100g에 2900원이고 400g 정도 됩니다. 잡뼈와 스지를 물에 넣고 녹이면서 핏물을 빼줍니다. 그런데 이거 아무리 봐도 스지가 아니라 근막 같네요. 근막도 스지에 포함시키는 건가...? 보통 근막은 손질해서 떼어서 버리는 거로 아는데... 저는 좋아합니다. 삶거나 구워서 먹습니다. 그..

집에 벌이 들어왔습니다. 항상 방충망을 닫아두는데 대체 어디로 어떻게 들어온 것인가요? (하루에 10마리씩 보이는 모기는 대체 어디로 들어오는 것인가요?) 그보다 이 벌 뭔가 무섭습니다. 말벌 같아보이는데... 크기는 한 2cm? 파리채로 밀면 파리채 위에 올라가는데, 파리채를 들고 창밖까지 데려가려 하면 계속 날아서 도망갑니다. 파리채로 쳐서 죽일 수 있지만 뭔가 귀여워보여서 안죽였습니다. 말 안듣는 놈이 귀여운 것이죠. 한 20번쯤 시도해서 겨우 내보냈습니다. 다신 오지마라! 올거면 집세를 대신 내주던가...